1.在我国,除采取有限责任公司形态的外商投资企业之外,我国公司法并没有将公司的设立协议规定为公司设立环节必备的法律文件。但对于有限责任公司、股份有限公司和其他企业法人等营利法人,《民法典》第七十九条规定:“设立营利法人应当依法制定法人章程。”《公司法》第十一条亦规定:“设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。”因此,对于通常的有限责任公司,公司设立协议是任意性文件;而公司章程则是必备性文件,任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。2.设立协议是不要式法律文件,作为当事人之间的合同,主要根据当事人的意思表示形成,其内容更多地体现了当事人的意志和要求,需要遵守《民法典》合同编的一般规则;而公司章程则是要式法律文件,公司章程自治是以不违反法律、行政法规为前提的。公司章程必须依据《公司法》制定,是公司登记必须报送的文件之一,要经过有关政府部门必要的形式审查甚至实质审查,因此,公司章程的自治性是相对的。3.公司设立协议与公司章程的效力不同。从效力的范围来看,由合同或协议的相对性决定，设立协议由全体发起人订立，调整的是发起人之间的关系，因而只在发起人之间具有法律约束力；而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的新股东，都受章程的约束。从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系和法律行为，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止;而公司章程的效力及于公司成立后整个的存续过程，直至公司终止。4.公司设立协议与公司章程的通过和修改条件不同。对于有限责任公司的章程，《公司法》第二十三条规定:“设立有限责任公司，应当具备下列条件:…(三)股东共同制定公司章程…”第四十三条第二款规定:“股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”对于股份有限司的章程，《公司法》第七十六条规定:“设立股份有限公司，应当具备下列条件:…(四)发起人制订公司章程，采用募集方式设立的经创立大会通过……”第一百零三条第二款规定:“股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。”按照《公司法》的规定公司章程的通过和修改，并不要求全体股东一致同意。有限责任公司的章程，即使在设立时的通过需要全体设立人同意，但公司成立后的修改只需要“三分之二”表决权的股东同意即可。至于股份有限公司的章程，公司设立时的通过和公司成立后的修改都不需要全体股东的同意。而按照《民法典》合同编的规定，合同无论是订立时的通过还是订立后的修改，都需要“协商一致”。如果任何一方当事人不同意，设立协议就不能成立或协议生效后就不能修改变更。在这个意义上，我们说章程是依“少数服从多数”的原则来订立和修改的，而设立协议是依“当事人意思表示一致”的原则来订立和修改的。章程规范和约束的股东中可能包括不赞成章程内容的股东，或者说即便是不赞成章程内容的股东仍然要受章程的约束;而在设立协议规范和约束的当事人中，均为同意设立协议内容的当事人。如果任何方当事人不同意设立协议的内容，该设立协议就可能不会成立。
