存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。
我国刑事诉讼法第140条第4款规定：对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。而根据我国刑事诉讼法第140条规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民检察院可以作出不起诉的决定。
案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。
(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的；
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；
(3)证据之间的矛盾不能合理排除的；
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
人民检察院根据上述情形作出不起诉决定后，如果发现了新的证据，证明案件符合起诉条件时，可以撤销不起诉决定，提起公诉。
